《躁动的荷尔蒙2》影片主要讲述了一个东南亚某国学霸洁癖男爵和学渣气味癖女同桌的纯爱校园故事。男爵皇甫钧是博尼思雅成人商业培训学校精英班里的学霸，但由于洁癖和追求完美，成了“同桌杀手”人缘极差，致使他申请参加社团主席连年失败。皇甫钧想抓住毕业前最后一次竞选机会，接受竞争对手白宿安的挑战，与新同桌阮幂幂和平相处一个月。可是，草根女阮幂幂却是个性十足的学渣，还是个气味癖，各方面都是皇甫钧的克星，两人初次见面就闹了不愉快。皇甫钧一开始极力容忍阮幂幂的各种不良习性，并好心帮她纠正提高成绩，但都被小女同桌视为挑衅。皇甫钧不得不对阮幂幂各种“严管”，也遭到对方的花样反击。两人斗智斗勇中萌生了纯纯的爱恋，并在校花、白宿安和其未婚妻肖乔的插足下经历了一波三折的波澜，最后阮幂幂被陷害面临开除，皇甫钧设法帮阮幂幂自证清白，守护住了这个新同桌和初恋。